Agronomía
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Item Determinación molecular de especies de Pratylenchus asociadas a cultivos agrícolas de Costa Rica(2015) Sandoval Ruiz, RebecaEl género Pratylenchus es estenomórfico, se encuentra en gran diversidad de ambientes, afecta un amplio rango de hospedantes y causa importantes pérdidas económicas a nivel mundial. Aunque se conoce que Pratylenchus infecta diversos cultivos en Costa Rica la información es escasa y más aquella referente a las especies presentes, lo cual es clave para el manejo de este nematodo. El objetivo de este trabajo fue determinar molecularmente, mediante amplificación por PCR y secuenciación de la región D3 del gen 28S del ADN ribosomal (ADNr), las especies del género Pratylenchus asociadas a seis cultivos agrícolas en Costa Rica: café, caña de azúcar, helecho hoja de cuero, áster, cebolla y papa; adicionalmente, se analizaron muestras de arroz, pimienta, fresa, lirio y banano. Las muestras se recolectaron de diferentes localidades del país. Para la obtención del ADN se validaron dos soluciones extractoras: NaOH y WLB+ 3% de proteinasa K. Se trabajó con 20 y 5 ¿l de NaOH y 25 y 5 ¿l de WLB con 3% de proteinasa K. Se estandarizó un procedimiento para la identificación molecular de las especies de Pratylenchus que consistió en la extracción del ADN de un grupo de cinco nematodos en 5 ¿l de buffer de extracción WLB + 3% de proteinasa K. En el PCR se utilizaron 5 ¿l del extracto de ADN con los imprimadores D3A y D3B. Se obtuvo la secuencia de cada producto de PCR y se comparó mediante BLAST con las depositadas en el GenBank. Luego se realizó un análisis filogenético con base en la secuencia de la región D3 para corroborar la identidad de las especies. Se identificaron nueve especies de Pratylenchus: P. gutierrezi (Sin. P. panamaensis) en café; P. brachyurus en pimienta; P. pseudocoffeae en áster; P. zeae en arroz y caña de azúcar; P. crenatus en cebolla y papa en monocultivo y en el cultivo mixto de papa y cebolla; P. penetrans en cebolla, fresa y lirio; Pratylenchus sp. en helecho hoja de cuero y en papa...