Agronomía
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Item Caracterización molecular de las especies de Pratylenchus y Meloidogyne asociadas al cultivo de fresa (Fragaria x ananassa Duch.), en la Región Central de Costa Rica(2021) Brenes Campos, Josué Ricardo; Humphreys Pereira, DannyEn Costa Rica, la producción fresera está concentrada en la Región Central del país, por sus condiciones climáticas. La mayoría de los productores utilizan aún sistemas tradicionales de siembra en suelo, por lo tanto, las plantaciones quedan expuestas a los nematodos fitoparásitos. En el país es escasa la información de nematodos fitoparásitos en las plantaciones de fresa, sin embargo, a nivel mundial Meloidogyne y Pratylenchus son los nematodos de mayor importancia asociados al cultivo. El objetivo de este trabajo fue identificar las especies de Pratylenchus y Meloidogyne asociadas al cultivo de fresa en la Región Central del país por medio de técnicas moleculares. Se identificaron un total de trece poblaciones de Meloidogyne y once de Pratylenchus. Las poblaciones de nematodos fueron extraídas de las raíces por medio del método de tamizado y centrifugación en solución azucarada, posteriormente identificados morfológicamente a nivel de género para continuar con la identificación molecular. En el caso de Meloidogyne, se extrajo el ADN con el protocolo establecido por el Laboratorio de Nematología del Centro de Investigaciones en Protección de Cultivos de la Universidad de Costa Rica (CIPROC-UCR). Se utilizaron dos técnicas moleculares para identificar las especies de Meloidogyne, polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (PCR-RFLP) y PCR con imprimadores específicos. Para el PCR-RFLP se amplificó la región localizada entre los genes del citocromo oxidasa subunidad II (COII) y el 16SrARN del genoma mitocondrial con los imprimadores C2F3/1108. Los productos del PCR en una banda de 500 pb que se digirió con la enzima de restricción DraI, y generó un patrón de dos fragmentos de 250 y 200 pb, aproximadamente. La especie se confirmó con el uso de los imprimadores específicos JMV1/JMV2/JMVhapla, la cual resultó en la amplificación de una banda de 440 pb. Ambas técnicas, indicaron la presencia de M. hapla...Item Determinación molecular de especies de Pratylenchus asociadas a cultivos agrícolas de Costa Rica(2015) Sandoval Ruiz, RebecaEl género Pratylenchus es estenomórfico, se encuentra en gran diversidad de ambientes, afecta un amplio rango de hospedantes y causa importantes pérdidas económicas a nivel mundial. Aunque se conoce que Pratylenchus infecta diversos cultivos en Costa Rica la información es escasa y más aquella referente a las especies presentes, lo cual es clave para el manejo de este nematodo. El objetivo de este trabajo fue determinar molecularmente, mediante amplificación por PCR y secuenciación de la región D3 del gen 28S del ADN ribosomal (ADNr), las especies del género Pratylenchus asociadas a seis cultivos agrícolas en Costa Rica: café, caña de azúcar, helecho hoja de cuero, áster, cebolla y papa; adicionalmente, se analizaron muestras de arroz, pimienta, fresa, lirio y banano. Las muestras se recolectaron de diferentes localidades del país. Para la obtención del ADN se validaron dos soluciones extractoras: NaOH y WLB+ 3% de proteinasa K. Se trabajó con 20 y 5 ¿l de NaOH y 25 y 5 ¿l de WLB con 3% de proteinasa K. Se estandarizó un procedimiento para la identificación molecular de las especies de Pratylenchus que consistió en la extracción del ADN de un grupo de cinco nematodos en 5 ¿l de buffer de extracción WLB + 3% de proteinasa K. En el PCR se utilizaron 5 ¿l del extracto de ADN con los imprimadores D3A y D3B. Se obtuvo la secuencia de cada producto de PCR y se comparó mediante BLAST con las depositadas en el GenBank. Luego se realizó un análisis filogenético con base en la secuencia de la región D3 para corroborar la identidad de las especies. Se identificaron nueve especies de Pratylenchus: P. gutierrezi (Sin. P. panamaensis) en café; P. brachyurus en pimienta; P. pseudocoffeae en áster; P. zeae en arroz y caña de azúcar; P. crenatus en cebolla y papa en monocultivo y en el cultivo mixto de papa y cebolla; P. penetrans en cebolla, fresa y lirio; Pratylenchus sp. en helecho hoja de cuero y en papa...