Programa de Posgrado en Microbiología, Parasitología y Química Clínica e Inmulogía
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Item Caracterización de doce nuevos alelos observados en una muestra costarricense en el marcador STR de uso forense D18S51(2009) Morales Valverde, Ana Yanssy; Silva de la Fuente, Sandra MaríaEl Departamento de Ciencias Forenses en Costa Rica estudió aproximadamente 10,000 transferencias alélicas de padre/hijo y 14,500 madre/hijo utilizando los sistemas PowerPlex®16 y/o AmpF/STR®Identifiler® para detectar desviaciones de los patrones mendelianos de herencia esperados. En ambos sistemas se incluye el marcador de pequeñas repeticiones en tándem (STR) D18S51, un STR altamente polimórfico con una escalera de alelos conocidos en el rango de 7-27 repeticiones y que se encuentra ampliamente incluido en las Bases de ADN en el mundo. Se observó un patrón que sugería la presencia de alelos nulos o silentes en el locus D18S51 en 25 transmisiones alélicas paternas y en 43 maternas, puesto que tanto el progenitor como el hijo aparentaban ser homocigotos para diferentes alelos en el mismo locus Las exclusiones con perfiles homocigotas en D18S51 fueron previamente asociadas con patrones trialélicos en el locus Penta E cuando eran detectados por PowerPlex®16. Los presuntos alelos nulos fueron reanalizados con el uso de un juego de imprimadores alternos. Los 68 casos mostraron perfiles heterocigotos donde uno de los alelos de cada muestra se presentaba fuera del rango de la escalera alélica del D18S51. El análisis de las secuencias de los alelos fuera del rango de la escalera reveló doce nuevos alelos que se designaron de acuerdo con el número de repeticiones AGAA de la siguiente forma: 28, 29, 30, 31, 32, 33 , 34, 35, 36, 37, 38 y 40. Adicionalmente se presentan dos investigaciones de paternidad en las que se observó mutaciones de un paso en D 18S51 que involucraban los alelos 28 -29 y 31-32. Los alelos fuera del rango de las escaleras alélicas tienen serias implicaciones para el análisis semiautomatizado de los STRs porque pueden ser causantes de falsa pérdida de heterocigosis y falsos patrones de tres alelos. Por esta razón, nuestra observación debe ser considerada en la evaluación...Item Efecto del veneno de Bothrops asper en vasos linfáticos de mesenterio de ratón(2009) Mora Rodríguez, Javier Francisco; Gutiérrez Gutiérrez, José María, 1954El accidente ofídico por la especie Bothrops asper representa un problema de salud importante en Centroamérica y algunas partes de Suramérica. Estos envenenamientos presentan un daño severo del tejido a nivel local, donde se pueden encontrar manifestaciones clínicas como necrosis, hemorragia y un edema prominente. El edema se genera por una pérdida en el equilibrio de fluidos entre el intersticio y el compartimento vascular, los encargados de mantener este equilibrio son los vasos linfáticos. En el presente trabajo se estudió el efecto del veneno de Bothrops asper, y de algunas toxinas aisladas de este veneno, en los vasos linfáticos del mesenterio de ratón. El veneno de B. asper fue aplicado directamente sobre los vasos linfáticos colectores del mesenterio de ratón utilizando la metodología de microscopía intravital; de esta forma se determinó que el veneno de esta serpiente induce una contracción dosis dependiente de los vasos linfáticos, resultando en una reducción de su lumen y en una detención del flujo linfático. El efecto observado fue reproducido por un homólogo de fosfolipasa A2 miotóxico, conocido como miotoxina II, aislada de este veneno; no así por una metaloproteasa hemorrágica ni por una serina proteasa coagulante. En concordancia con lo anterior, al tratar el veneno con fucoidan, un inhibidor de miotoxinas, se logró inhibir el efecto sobre los vasos linfáticos, lo que no ocurrió al tratar el veneno con el inhibidor de metaloprotesas Batimastat Además, se determinó que el fucoidan reduce significativamente el edema inducido por el veneno de B. asper. Se había demostrado anteriormente la capacidad de la miotoxina II de inducir necrosis en el músculo esquelético, y se demuestra en este trabajo que además logra inducir una citotoxicidad en células de músculo liso en cultivo y promover un incremento de permeabilidad al ioduro de propidio en estas célula. Se utilizaron el Daflon...Item Implementación de una técnica de RT-PCR tiempo real para la detección de bornavirus(2009) Barrantes Rodríguez, Xinia María; Bonilla Vargas, José AlbertoEl virus de la enfermedad de Barna (VEB) es el agente causal de un desorden inmunopatológico en el sistema nervioso central que afecta varias especies de animales. En humanos se ha asociado con desórdenes psiquiátricos, desórdenes afectivos y esquizofrenia. La detección de VEB se ha basado en inmunohistoquímica, serología y tecnologías basadas en PCR. El establecimiento de un RT-PCR Tiempo real es una nueva herramienta para la detección de un virus de dificil detección. En este estudio se desarrolló un RT-PCR Tiempo Real para la detección de los ARN codificantes para las mayores proteínas virales, p40 (nucleoproteína) y p24 (fosfoproteína) para las cepas Barna V, Barna HE/80, y Barna H1766. Para la cepa No98, por su diferencia con el resto de las cepas, se diseñaron imprimadores y sondas específicas. Se realizaron diluciones de un control de estas secuencias insertas en un plásmido y se estimó una sensibilidad de hasta 100 copias de ARN viral/¿L. Se probaron 120 caballos de diferentes zonas del país y se detectaron 8 muestras positivas para p24 (6.6%) y 4 positivas para p40 (3.3%) para Barna V, Barna HE/80, y Barna H1766, y 2 positivas para p24 (1.6%) de la cepa No98, para un total de 12 muestras positivas (10%). También se probaron 50 muestras humanas, 25 muestras de pacientes bipolares I y 25 muestras control de personas aparentemente sanas. De los pacientes bipolares se detectaron 4 muestras positivas para p24 (16%) y 3 positivas para p40 (12%) para un total de 7 muestras positivas (28%) para las cepas Barna V, Barna HE/80, y Barna H1766. En las muestras control no se detectó VEB. Se detecta VEB en forma convincente en Costa Rica, y se reporta la gran especificidad y sensibilidad del PCR Tiempo Real.Item Caracterización fenotípica y molecular de Metalo-B-Lactamasas en aislamientos hospitalarios de Pseudomonas aeruginosa(2008) Toval Maldonado, Francisco; García Santamaría, FernandoSe estudiaron 198 aislamientos de Pseudomonas aeruginosa recuperados del Hospital México entre noviembre 2004 y octubre 2005. Debido a la resistencia mostrada a los carbapenemes, se investigó la presencia de las metalo-ß-lactamasas IMP, VIM, SPM-1, GIM-1 y SIM-1 mediante E- test MBL y PCR múltiple. Además, se estudió la posible asociación con integrones de clase 1 mediante PCR y secuenciación de los cassettes génicos y se compararon los aislamientos metalo-ß-lactamasas (MBL) positivo con la técnica RAPO empleada por Madriz-Garita. Los dos hallazgos más relevantes de la presente investigación son la presencia de dos genes diferentes, blaIMP y bLaVIM, en la mayoría de los aislamientos de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenemes, y que ambos genes no están, aparentemente, asociados a integrones de clase 1. Los resultados de la secuenciación de la región variable de los integrones de clase 1 mostró la presencia de los genes aacA4, aadA2, aadA6, orfD y qacF distribuidos en 18 aislamientos sensibles a imipenem y meropenem, mientras que, aunque los aislamientos MBL positivo presentaron integrones de clase 1, no se obtuvo amplicones con los primers 5'CS y 3'cs utilizados para determinar la presencia de cassettes génicos. Un tercer hallazgo significativo es que los aislamientos de P. aeruginosa portadores de los genes blaIMP y blaVIM pertenecen a varios grupos o clones genéticamente diversos, por lo que cabe la posibilidad de plásmidos conjugativos u otros elementos genéticos móviles que efectúen una transferencia horizontal de blaIMP y blaVIM simultáneamente entre diferentes cepas de P. aeruginosa.Item Análisis de estructura genética y diversidad de tres poblaciones de Costa Rica, México y el Suroeste de Estados Unidos relacionadas con la esquizofrenia, utilizando marcadores Y-STRs y ADNmt(2005) Campos Sánchez, Rebeca; Silva de la Fuente, Sandra MaríaSe estudiaron 217 individuos masculinos hispanos relacionados con la esquizofrenia provenientes de Costa Rica (CR 120 individuos), el suroeste de Estados Unidos de América (EUA 42 individuos) y México (MX 55 individuos) utilizando 12 Y-STR (DYS19, DYS 3851111, DYS389IíI1, DYS390, DYS391, DYS392, DYS437, DYS438 y DYS439) del kit PowerPlexOY System (Promega) y la secuencia de la región HVI del ADNmt (imprimadores L15997 y H16401). Los datos de los microsatélites del cromosoma Y muestran una diversidad génica promedio en Costa Rica de 0,675, en EUA de 0,614 y en México de 0,608. Se obtuvieron 103 haplotipos en CR, dentro de estos se obtuvieron 14 haplotipos compartidos. En la población de EUA se obtuvieron 40 haplotipos, entre ellos sólo 2 compartidos y en la población mexicana se obtuvo un total de 51 haplotipos, de los cuales 2 son compartidos. Para las tres poblaciones la diversidad haplotipica fue de 99%. El número promedio de diferencias entre individuos (pairwise differences) dentro de cada población fue de 8,099,7,368 y 7,300 para CR, EUA y MX respectivamente. Al graficar la distribución de diferencias (Mismatch distribution) se observa una distribución unirnoda1 que muestra una expansión masculina común a las tres poblaciones. No se hallaron haplotipos compartidos entre las tres poblaciones de estudio para los Y-STR, sin embargo, entre EUA y MX se hallaron 4 haplotipos compartidos y 1 entre CR y EUA. Esto es evidencia de migración o de una historia compartida relacionada con la colonia y el ingreso de españoles y portugueses, principalmente; además de linajes amerindios y mezcla con africanos. La estructura de las poblaciones para los Y-STR mostró un valor Rst de 0,04 (P<0,001). Específicamente, los marcadores que influyen en este resultado son el DYS392 y el DYS439. Al separar las poblaciones en regiones los resultados fueron significativos (Rst:0,038, P<0,01), siendo los marcadores DYS389II, DYS392 y DYS439 relevantes...Item Mutaciones en la proteína X del virus hepatitis B y su posible asociación con la progresión del cuadro clínico del paciente(2005) León Rodríguez, Bernal Alberto; Herrero Uribe, LibiaObjetivo El propósito de este estudio fue determinar si las mutaciones T-A están presentes en portadores crónicos de VHB infectados con el genotipo F (genotipo más frecuente en Costa Rica) y determinar si estas mutaciones estuvieron asociadas con la progresión de la enfermedad causada por VHB durante un brote ocurrido en Costa Rica entre 1972 y 1985. Metodología Se realizó extracción, amplificación (PCR anidado), purificación y secuenciación de muestras de sueros de 50 personas infectadas por el virus de Hepatitis B. Se determinó la presencia de mutaciones y se hicieron análisis de genotipos y análisis estadísticos para demostrar si la asociación de las mutaciones con la severidad del daño hepático. Resultados y Conclusiones Del ADN del VHB presente en muestras de sueros de 50,48 secuencias pertenecían al genotipo F y dos fueron clasificadas como D o E. No se detectaron las mutaciones T-A en las secuencias obtenidas de las 17 muestras de pacientes agudos que se recuperaron; sin embargo, estas mutaciones se identificaron en 12 de 29 (42.8%) de portadores, p = 0.02, prueba exacta de Fisher dos colas. En una de estas muestras las mutaciones T-A se detectaron a los 29 días después de iniciados los síntomas. En 17 portadores que tenían un estudio de biopsia disponible, las mutaciones T-A fueron encontradas en 8 sueros de 13 pacientes con biopsia clasificada por el Índice Knodell como moderada o severa (61.5%) y en ninguna de las 4 biopsias catalogadas con lesión leve. Sin embargo, el resultado no fue estadísticamente significativo por la prueba exacta de Fisher dos colas, p = 0.08. De 4 pacientes con diagnóstico de CHC, 2 presentaron las mutaciones T-A en las secuencias asiladas de estas muestras. Las mutaciones T-A fueron encontradas en pacientes crónicos infectados con el genotipo F del VHB pero no en pacientes agudos recuperados. Más estudios son necesarios para establecer si las mutacioes T-A pueden ser usadas como marcador...